1402年6月，朱棣带领燕军进入南京，成功登上了奉天殿，开始了他的永乐政权。废除了建文年号，这也意味着长达22年的永乐政权正式开始。
有一个奇怪的现象，朱元璋当年为了保护自己在北方的统治地位，特别设立了许多王权，让他们像北辰一样居中，但在朱棣篡位的过程当中，这些王爷们似乎没有提出什么反对意见。朱棣号称“靖难”，但实际上是在进行权力篡夺。很多后人误以为，朱棣只是占领了南京，就轻松地夺取了大明政权。
这种误解其实并不是后人读史的错，而是因为朱棣上台之后，第一件事就是极力修改历史，特别是那些对他不利的历史记录。尤其是在修改父亲朱元璋的《太祖实录》方面，他用了极大的心思。
朱棣在6月进入南京后急忙登基，仅仅四个月，他就决定修改已经存档的《太祖实录》。他指派自己的亲信：解缙、姚广孝和李景隆等人，花了整整16年的时间两次修改这部历史记录。
展开剩余76%那么，修改《太祖实录》到底有什么用呢？朱棣通过修改历史，试图让自己的篡位行为看起来更为正当。他特别重视一些悬而未决的历史问题，比如他母亲的身份问题。他把自己的母亲塑造成马皇后所生，这样既可以提升自己的身份，又能顺利进入嫡长子制度中，成为“正统嫡子”。
他还特别强调了一些朱元璋生前的言论，诸如“燕王类我”以及临终时问“燕王来否”之类的言语，意在展示自己深得父皇宠爱，是最合适的继承人。尤其是“燕王来否”这一问题，与朱棣靖难时所发布的檄文相互呼应，证明了朱棣当时得到了先皇的认可。
朱棣之所以如此谨慎地修改历史，正是因为他知道当时有很多反对力量，无论是朝廷内部，还是社会上都有许多人反对他。因此，他需要借助文人的力量，通过舆论来美化自己，减少民众对他的负面印象，从而稳固自己的政权。虽然他也清楚“得民心者得天下”，但他更明白舆论的强大力量，能够主导民心。普通百姓看惯了好评如潮的文章，虽然新皇登基可能对他们的生活没有实质性的改变，但也很难发生大规模的反抗。
至于朱棣在攻占南京后遇到的抵抗力量，主要来自建文遗臣和其他一些王爷们的势力。建文帝时期的遗臣在朝廷中有不少人，像文学博士方孝孺、刑部尚书暴昭、山东布政使铁铉、礼部尚书陈迪、兵部尚书齐泰、太常卿黄子澄、监察御史高翔等人都坚定支持建文帝。
方孝孺拒绝为朱棣起草登基诏书，结果惨遭满门抄斩。铁铉在靖难时坚守济南，是朱棣北上过程中最大的一道障碍。即使朱棣登基后，铁铉仍然拒绝投降，最终被捕后凌迟处死，家人遭受流放，孩子们也受到了严重的惩罚。暴昭在见到朱棣时破口大骂，结果被酷刑折磨致死。齐泰在靖难时曾打算南逃，召集反抗力量，但很快被捕，九族被诛，只有一个六岁的孩子幸免。黄子澄同样被凌迟处死，波及三族。
朱棣为了彻底清除建文遗臣，残忍杀害了上万名支持建文的官员与民众，其中不乏老弱妇孺。甚至连朱家的亲族也未能幸免，朱允炆的几个弟弟：朱允熥、朱允熞被贬为庶民，囚禁在凤阳，最终死于囚禁。朱允煕被废除王位，五年后在家中被烧死。朱允炆的长子朱文奎在宫中失踪，次子朱文圭被囚禁多年，直到明英宗时期才被赦免，但此时他已经年老且失去理智。靖难时，这两个孩子一个才七岁，另一个只有两岁。
在清除完建文遗臣后，朱棣重新安排了朝廷官员，所有六部的重要职位几乎都被他身边的亲信所占据。与此同时，他开始大力修订《永乐大典》，并派遣郑和七下西洋，努力塑造自己作为千古一帝的形象。
而面对当时的王爷势力，朱棣清除起来比对付建文遗臣要容易得多。朱棣掌握着当时最强的军队，手握号令天下的权力，此外，由于在他之前的三位哥哥都已经去世，朱棣作为弟弟或侄子的身份非常强势，不像朱允炆那样尴尬。
作为藩王出身，朱棣深知军权和战功对自己的重要性。因此，他下令将首都从南京迁移到北京，这是他的新兴之地，且拥有绝对的控制权。同时，北京靠近当年朱元璋所设的“塞边九王”，这一举措让他形成了对王爷们的巨大压力。
所谓“塞边九王”，是指朱元璋为了防止北元南下而设立的防线，这些王爷是诸王中最有权力和影响力的。靖难前，已有部分王爷去世或被迁移，但仍有五位王爷可以对朱棣构成威胁。尽管如此，这五位王爷的军事力量在建文朝已被削弱，靖难时他们的力量非常薄弱，没能对朱棣构成实质威胁。
为了彻底控制这些王爷，朱棣将他们迁往内陆，严加监视，同时也派遣自己的亲信管理边疆重镇。最终，他亲自带兵征伐蒙古，五次出征，最后在回师途中死于非命。
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